江西上犹南湖国家湿地公园内物种丰富，共有维管束植物56科159属216种；其中蕨类植物5科5属5种，被子植物51科154属211种（双子叶植物40科105属144种，单子叶植物11科49属67种）。脊椎动物共计390种，隶属于39目110科，其种数占江西已知脊椎动物总种数的46.1%；其中，鱼类有7目16科43种，种数占江西已知鱼类的21.1%；两栖动物有2目8科27种，其种数占江西已知两栖动物的67.5%；爬行动物有3目12科61种，其种数占江西已知爬行动物的79.2%；鸟类有18目63科207种，其种数占江西已知鸟类的49.3%；哺乳动物有8目20科63种，其种数占江西已知哺乳动物的60%。